當各界都在表態，挺扁或者是反扁的時候，台大醫院裡出現不同的聲音，台大外科加護病房主任、曾向媒體投書「在權勢之前，我們竟矮了身子」的柯文哲，婉拒加入反扁醫師陳耀昌的行列，認為這只是不到200萬人在台上打打殺殺，但台下有超過2000萬人不得安寧，他提出呼籲執政者以及反對黨都該想想這個問題。
知識分子聚集的台大醫院，一向對於時事相當敏感，更經常走在歷史前端創造歷史，不過就在各界要求表態挺扁或者是反扁的同時，台大外科加護病房主任柯文哲提出了不同的聲音。
柯文哲表示：「今天除非革命或政變，除非這兩個方法才能讓他下台，問題是我們花20年才走到這裡，難道我們要走回頭路？不管是反扁或是挺扁，都要回答這問題，這樣做台灣會更好嗎？」
這是當台大醫師陳耀昌邀請柯文哲加入反扁行列時，柯文哲想了一夜的問題，他以外科醫師為例，當病人發現腫瘤時，二話不說全數割除腫瘤，並不是唯一可以選擇的治療方式，他認為這一波反扁挺扁的行動兩邊已經失焦。
柯文哲表示：「其實今天陳水扁也要不能陷入泥沼裡面，你要把台灣帶向哪裡？你要清楚的講。所以老實講，陳水扁做不好是對手太爛，因為他的對手也提不出什麼好的主張，所以一個比爛的政治，國家不會進步。」
柯文哲今年7月，曾對趙建銘涉入台開案有感而發，寫了一篇「在權勢之前，我們竟矮了身子」投書媒體，文中指出「這些從頭到尾，我們都不是無辜的旁觀者，是我們的軟弱和縱容，讓一個年輕人最後陷入 不能自拔的地獄。一百年來，台大醫院是台灣社會的圖騰。若不是我們在世俗的權勢之前，矮了身子，失了志氣，今日怎會有一個『趙建銘案』？」
話說的很白的柯文哲，最近走了一趟大陸，看到大陸全面拚經濟的狠勁，不免有些感慨，畢竟政治上絕對支持或絕對反對的，不到2300萬人中的5%，但多數人卻反而受到影響。